"Баг" возник как-то незаметно, но сильно раздражал, так как на ряде ресурсов, которые я посещаю, испоьзуются javascript "попапы", да еще и с указанием размеров такого окна, что приводило к изменению размеров всего окна файрфокса.

Исправить такое поведение достаточно просто:

в about:config нужно исправить переменную browser.link.open_newwindow с 3 на 2.